تولدت فكرة إنشاء المؤسسة إيمانًا من مؤسسها سماحة الشيخ أحمد بن حمد الخليلي بأهمية إيجاد مشروع وقفي يشارك فيه أبناء المجتمع بشكل عام، وذلك من أجل التعزيز والتطوير لبعض المصالح المتعلقة بالجوانب العلمية والدعوية والإنسانية من خلال تثمير الأصول الوقفية وصرفها في محلها انطلاقًا من قيم المؤسسة “الأمانة والإتقان والإنجاز”. تعنى المؤسسة بهذه الغايات السامية قياما بالواجب وردًا للجميل للوطن وشعوًرا بضرورة التكامل بين المجتمع والمؤسسات الحكومية.
